子宫内膜异位症的原因至今不明，主要是三种学说，第一种是种植学说，首先是经血逆流，月经血一部分随着子宫、阴道流出来，有一部分随着输卵管逆流到了腹腔里，导致卵巢和盆腔腹膜发生子宫内膜异位症，其次是通过淋巴和深静脉播散，比如肺、胸膜等和生殖器离的较远的地方发生内膜异位症，最后是医源性种植，在剖宫产切口、顺产产后侧切伤口发生子宫内膜异位症；第二种是体腔上皮化生学说，卵巢表面和腹膜表面有胚胎时期的原始体腔上皮，由于卵巢激素、月经血以及炎症的刺激，原始体腔上皮反复化生形成子宫内膜异位病灶；第三种是诱导学说，未分化的腹膜组织在体内内环境的生物、化学因素诱导下产生子子宫内膜异位的病灶。
很多子宫内膜异位症的患者有家庭聚集性的现象，所以还有遗传因素，另外还包括了免疫因素和炎症因素。
